El máster en Agroalimentación es un máster oficial interuniversitario de las universidades de Córdoba y Cádiz. Se encuentra encuadrado dentro del Campus de Excelencia Internacional en Agroalimentación (ceiA3), que engloba además a las universidades de Huelva, Almería y Jaén.
Orgánicamente en la Universidad de Córdoba depende del Instituto de Estudios de Postgrado (IDEP) que a su vez está encuadrado en el Vicerrectorado de Estudios de Postgrado y Formación Continua.
En los aspectos académicos depende de la CAM del Máster, pero las cuestiones administrativas (matrícula, títulos, tasas, etc.) las desarrolla el IDEP.