El máster en Agroalimentación se ha estado impartiendo durante 9 cursos académicos con dos itinerarios: Producción Agroalimentaria y Gestión de Empresa Agroalimentaria. En junio de 2015 se aprobó un nuevo plan docente que incluye cinco itinerarios diferentes que pueden cursar tanto los alumnos del perfil profesional como del investigador. La única diferencia entre ambos es en el módulo de aplicación, que en tanto los del perfil profesional hacen prácticas en empresa o instituciones, los del perfil investigador, cursan asignaturas de formación a la investigación y desarrollan un TFM investigador. En cuanto a las asignaturas de formación en investigación, habitualmente se deben elegir de entre las ofertadas como transversales por parte del IDEP.
En el presente curso académico, de los diferentes itinerarios propuestos para el máster sólo se podrán cursar en ambas universidades el de Producción y Tecnología Agroalimentaria. Los módulos de Gestión de Empresas Agroalimentarias y Vitivinicultura en Climas Cálidos se pueden cursar sólo desde la Universidad de Cádiz y los otros dos itinerarios no están disponibles para el curso 17-18. Además en el perfil de investigación se puede cursar la asignatura de Introducción a la investigación en lugar de las transversales en la UCO.
